成本管理是指医院通过成本核算和分析，提出成本控制措施，降低医疗成本的活动。成本管理是医院实行财务管理的基础，成本管理由成本核算、成本分析、成本控制等各个方面有机组成的统一体系，实行成本管理，有利于医院摸清家底，将强绩效评价，合理控制费用，提高服务效率。用友成本核算系统在保留主流的四级五类分摊法的基础上，提出多级成本分摊的概念，可以依据医院的实际情况，采用合理、可配置的分摊级次，更贴近医院的核算需求。
通过与HIS系统的数据对接，实现收入、工作量的数据的自动采集；通过与人事系统、物流系统的无缝衔接，实现考勤数据与物资耗用数据的自动采集；通过与财务、资产、薪酬与存货系统的无缝衔接，实现间接与直接成本的数据归集。
通过成本分摊以实现科室成本的归集，能够让院领导清楚的了解到各科室的实际经营情况，以及全院整体的经营情况，最终为项目成本核算与单病种成本核算以及临床路径成本核算打下坚实的基础。
