预算管理是在医院战略目标的指引下，通过预算编制、执行、控制、考评与激励等一系列活动，优化医院的资源配置，全方位地调动医院各个层面员工的积极性，全面提高医院管理水平和经营效率，实现医院价值的最大化。
 
构建集中的预算管理平台，建立统一的预算管理方案，包括预算组织（预算管理委员会、职能科室、业务科室、项目单元）、预算的内容、预算项目、预算编制的方法、预算的编制审批过程、和预算控制程度和方式。完成年度目标确定、预算编制、预算执行与控制、预算分析与调整全流程管理。
 
实现预算与财务系统、成本系统、业务系统集成应用，以预算数据作为业务系统执行过程中的控制依据。预算获取业务系统执行数据，完成预算核销。根据预算数据和实际执行情况进行预算分析，对整个预算管理过程给予客观的评价，并成为下一年预算管理的依据。
 
  根据医院的一般运营特点，可采用“三级预算管理”体系，即按照“预算归口管理、三级目标统一”的原则，由一级总预算、二级归口职能部门预算和三级科室预算组成，实行以财务预算为主线，将医院所有收支全部纳入预算管理体系的全面预算。 一级总预算由预算管理委员会负责，主要包括经营预算、资本性预算的汇总、以及财务预算的编制，二级部门预算由归口职能部门负责，主要负责归口支出预算及资本性支出预算，三级责任中心预算由各临床、医技、医辅责任中心负责，主要负责经营预算，如门诊人次、住院人次等业务量预算。